Le Syndicat est administré par un Conseil d'Administration constitué paritairement de 6 représentants du département de Paris et de 6 représentants du  département des Hauts-de-Seine, désignés par leur assemblée respective et nommés pour la durée de leur mandat.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de la compétence du Syndicat Interdépartemental.

Il délibère sur les objets suivants :

• le projet de budget du Syndicat,

• les comptes administratifs,

• l'organisation administrative et technique du syndicat,

• l'acquisition, l'aliénation, l'échange , les constructions et grosses réparations, les baux et location d'immeubles, les marchés,

• les offres de concours,

• acceptation ou refus des dons et legs,

• toutes les questions qui lui sont soumises par le Président du Conseil d'Administration,

• il approuve les comptes du Payeur départemental des Hauts-de-Seine, agent comptable de l'établissement.

Chacune des collectivités associées contribue aux dépenses de fonctionnement ainsi qu'aux opérations d'investissement et aux travaux de grosses réparations au prorata d'utilisation décidé par le Conseil d'Administration du Syndicat.

Le Conseil d'Administration fixe la composition de son bureau qui comprend un président, un premier vice-président, 4 vice-présidents et 4 secrétaires.

Le Président est élu pour 3 ans et est choisi alternativement parmi les représentants de l'une et l'autre des collectivités associées.